أقام الزمخشري بخوارزم بعد رجوعه من مكة المكرّمة إلى أن توفّاه الله ليلة عرفة سنة ٥٣٨ هـ بجرجانية، وكان قد أوصى بأن تكتب على قبره هذه الأبيات:
يا من يرى مدّ البعوض جناحها في ظلمة الليل البهيم الأليل
ويرى عروق نياطها في نحرها والمخّ في تلك العظام النّحّل
اغفر لعبدٍ تاب من فرطاته ما كان منه في الزمان الأول