إن من أبرز مشكلات البحث ما يلي:
١ - الجمع بين أطرافه المتشعبة بين دفتي رسالة واحدة جامعة شاملة لكل ما يتعلق بمبحث الجمع العثماني وعلاقته بالأحرف السبعة.
٢ - وجود مباحث هامة متعلقة بموضوع البحث الرئيس - بل هي من عصبه ولبه- تحتاج لتحقيق وتأصيل علمي لإثبات حقائقها الثابتة على الوجه الصحيح خلافًا لما هو منتشر وشائع في مصنفات علوم القرآن قديمًا وحديثًا، ومن ذلك على سبيل المثال لا الحصر ما يلي:
أ- شهود زيد بن ثابت - ﵁ - للعرضة الأخير، وهو محل نظر عند أهل التحقيق والتدقيق، وذلك لضعف الروايات الواردة فيها، أما الثابت بأسانيد ثابتة صحاح فهو: شهود عبد الله بن مسعود لها، وأما شهود زيد لها فمشتهر وذائع ومستفيض - فحسب-، ومع اشتهاره فالباحث لم يقف على إسناد ثابت صحيح يُعول عليه في شهوده للعرضة الأخيرة إلا ما أشيع في مصنفات علوم القرآن وبعض كتب التفسير.
[ ٢٣ ]