ترجع هذه المشكلة إلى المحقق لأنه أراح نفسه ونقل الحرف المختلف في قراءته من المصحف الشريف دون مراعاة لاختلاف القراءات فكتبه على صورة واحدة وافقت وصف القراءة أم لم توافق، فأعفى نفسه من متابعة المخطوط في رسم الحروف المختلف في قراءتها فغيرها عما كانت عليه في المخطوط، فرأيت كثيرًا من المواضع وصْف القراءة فيها غير مطابق للفظ المكتوب مع أن اللفظ مكتوب في المخطوط بصورة مطابقة للوصف المذكور، وهو بذلك يكون قد أوقع القارئ في مشكلة لا تقل عن سابقتها خطورة.
وسأضرب لذلك بعض الأمثلة التي توضح هذا دون سرد لها: