توفي الإمام اللقاني ﵀ بعد حياة حافلة بالعلم والتعليم؛ وهو راجع من الحج بمحل يقال له: الشرفة.
وكان ذلك ليلة الأحد قبيل العشاء الأخيرة، ثالث شهر صفر، سنة إحدى وأربعين بعد الألف، عن نيف وسبعين سنة.
وحُمِل إلى عقبة أيلة (٢)، فدفن بمَحَلٍّ عالٍ مجاور لآخر بساتينها التي ينزل الحاج بعد رجوعه خلفها، على يمين الراجع تجاه البحر الملح.