وتوفي بمرض الكوليرة العام يوم الثلاثاء السابع والعشرين من شهر رمضان المعظم سنة ست وستين ومائتين وألف، من الغد حضر مشهد جنازته الأمير والمأمور، وتبرك بتشييعه الجمهور، ودفن إلى جنب ولده السابق الذكر بالمقام المذكور، ضاعف الله لهما الأجور، وحباهما الفوز الكبر يوم البعث النشور.
وكانت وفاته ﵁ من آخر العهد بالمرض العام وإلى ذلك أشار تلميذه ومجاوره في المدفن الشاعر الكتب الشيخ محمد الباجي المسعودي في رثائه بقوله: [الوافر]
أرى بحر الخطوب طما وأصمى وأصلى غالب الأكباد جمرا
فلما استعظموه اغتال فردًا يقوم برزء كلَّهم ومرَّا
أما في فقد إبراهيم خطب يعمَّ جميع أهل الأرض طرا