لم يكن الطَّاهِر بن عاشور بَعيدا عَن سِهَام الاستعمار والحاقدين عَلَيْهِ والمخالفين لمنهجه الإصلاحي التجديدي، فتعرض الشَّيْخ لمحنة قاسية استمرت ٣ عُقُود عرفت بمحنة التَّجْنِيس، وملخصها أَن الاستعمار الفرنسي أصدر قانونا فِي (شَوَّال ١٣٢٨ هـ = ١٩١٠م) عرف بقانون التَّجْنِيس، يتيح لمن يرغب من التونسيين التجنس بالجنسية الفرنسية؛ فتصدى الوطنيون التونسيون لهَذَا القانون وَمنعُوا المتجنسين من الدّفن فِي الْمَقَابِر الإسلامية؛ مِمَّا أربك الفرنسيين فلجأت السلطات الفرنسية إِلَى الْحِيلَة لاستصدار فَتْوَى تضمن للمتجنسين التَّوْبَة من خلال صِيغَة سُؤال عَامَّة لَا تتَعَلَّق بالحالة التونسية توجه إِلَى الْمجْلس الشَّرْعِيّ.
وَكَانَ الطَّاهِر يتَوَلَّى فِي ذَلِك الْوَقْت سنة (١٣٥٢ هـ = ١٩٣٣م) رئاسة الْمجْلس الشَّرْعِيّ لعلماء الْمَالِكِيَّة فَأفْتى الْمجْلس صَرَاحَة بِأَنَّهُ يتَعَيَّن على المتجنس عِنْد حُضُوره لَدَى القَاضِي أَن ينْطق بِالشَّهَادَتَيْنِ ويتخلى فِي نفس الْوَقْت عَن جنسيته الَّتِي اعتنقها، لَكِن الاستعمار حجب هَذِه الْفَتْوَى، وبدأت حَملَة لتلويث سمعة هَذَا الْعَالم الْجَلِيل، وتكررت هَذِه الحملة الآثمة عدَّة مَرَّات على الشَّيْخ، وَهُوَ صابر محتسب.