قمنا بمقابلة الكتاب على نسختين خطيتين كاملتين، وأثبتنا الفروق بينهما الأولى وهي النسخة الأزهرية وتقع في سبعة مجلدات.
المجلد الأول، وعدد أوراقه (٣١٢) ورقة، ويبدأ من أول التفسير إلى نهاية سورة البقرة.
المجلد الثاني، وعدد أوراقه (٣٢٤) ورقة، ويبدأ بتفسير سورة آل عمران، وينتهي بتفسير الآية (٩٥) من سورة المائدة.
المجلد الثالث، وعدد أوراقه (٣٢٨) ورقة، ويبدأ بتفسير الآية (٦٩) من سورة الماندة، وينتهي بتفسير سورة هود.
المجلد الرابع، وعدد أوراقه (٣٢٢) ورقة، ويبدأ بتفسير سورة يوسف وينتهي بتفسير سورة الحج.
المجلد الخامس، وعدد أوراقه (٣٢٠) ورقة، ويبدأ بتفسير سورة المؤمنون، وينتهي بسورة فاطر.
المجلد السادس وعدد أوراقه (٢٨٠) ورقة، ويبدأ بتفسير سورة يس، وينتهي بسورة القمر.
المجلد السابع، وعدد أوراقه (٣٣٠) ويبدأ بتفسير سورة الرحمن وينتهي بتفسير سورة الناس.
والثانية وهي نسخة دار الكتب المصرية وهي مثل النسخة الأزهرية في عدد المجلدات، وبداية كل مجلد ونهايته.