لقد حوت المكتبة الإسلامية الكثير من النسخ الخطية لهذا الكتاب القيم، وإن كانت تختلف في جودتها، ووضوحها، واستكمالها، وبعدها أو قربها من مؤلفها، وإليك بيانًا ببعض تلك النسخ:
١- نسخة "المكتبة الظاهرية" بدمشق حرسها الله وأعاد مجدها حصلنا عليها بواسطة الأستاذ الشيخ عبد القادر أرناؤوط، فجزاه الله خيرًا، ورمزنا لها بالحرف (أ) وجعلناها أصلًا وهي نسخة كاملة، وواضحة الخط، وعليها بعض الحواشي، والتعليقات وافق الفراغ منها بالقدس الشريف في المدرسة الصلاحية يوم الثالث عشر من شوال، من شهور سنة خمسة وعشرين وثمانمائة هجرية، وهي بخط سليمان بن أحمد بن سليمان الحدادي القرشي، الجزء الأول منها برقم خاص (٤٠) ورقم عام (٤١٣) تفسير، وعدد صفحاته (٢٢٣) ورقة من الفاتحة إلى آخر سورة الكهف، والجزء الثاني برقم خاص (٤١) ورقم عام (٤١٤) تفسير، وعدد صفحاتها (٢٠٥) ورقة من سورة مريم إلى الناس.
٢- نسخة "مكتبة الحرم المكي الشريف" برقم عام (٢٨٣) ورقم خاص (٢٥٧)، وهي نسخة واضحة ومتكاملة، ومتأخرة في النسخ عن نسخة الظاهرية ورمزنا لها بالحرف (ب) وتقع في مجلدين، وتنتهي بنهاية النصف الأول من القرآن الكريم، ولذا أكملنا النقص من نسخة أخرى في مكتبة الحرم أيضًا برقم (٧١٣) تفسير في مجلدين، والثاني منهما يقع في (٢٥٨) ورقة.
٣- وقد حوت المكتبة المركزية لجامعة الإمام محمد بن سعود الإسلامية في مدينة الرياض العديد من النسخ الخطية بعضها مرمم والبعض الآخر ناقص.
فالنسخة الأولى: برقم (١٦٩٦) أولها (بسم الله الرحمن الرحيم، قال الشيخ الإمام الأجل السيد ناصر الحديث ركن الدين أبو محمد الحسين) .
وجاء في نهايتها: (وقع الفراغ في تتميم هذه النسخة في غرة شهر رمضان سنة ثمان وأربعين ومائة بعد ألف) .
عدد أوراقها ٥٠٤.
والثانية: برقم (٣٦٢٩) جاء في أولها: (بسم الله الرحمن الرحيم رب يسر واعن يا كريم، أخبرنا الشيخ الإمام عفيف الدين أبو علي الحسن بن ملجد بن إبراهيم المريدي ﵀ قال:-
[ ١ / ٢٣ ]
وآخرها: تفسير سورة التوبة عدد أوراقها: (٢٣٦) وهي مرممة ترميمًا نتج عنه ضياع بعض الكلمات في بداية سورة الفاتحة ص ٩- ١٠- ١١- ١٣- ١٤.
ويوجد عليها حواش وتعليقات.
والثالثة: رقمها (٣٧٨٢) عدد أوراقها (٢٠٨) تبدأ بسورة البقرة وسورة آل عمران وسورة النساء وآخر المخطوطة كتبت هذه العبارة (آخر الجزء الأول من معالم التنزيل، وكان الفراغ من نسخه يوم السبت رابع عشر شهر ربيع الآَخر سنة ست وأربعين وسبعمائة على يد أفقر العباد وأحوجهم إلى عفو ربه) .
والرابعة: برقم (٣٦٢٧) الجزء الأول فقط عدد أوراقها (٢٩٨) وفي ورقة ٢٩٧ كتب عليها: (تم الربع الأول بحمد الله وتوفيقه وكان الفراغ من كتاب (معالم التنزيل) بإذن الله الملك الجليل في يوم الجمعة قبل الظهر اثنين وعشرين يومًا خلا من شهر ربيع الأول سنة ألف ومائة وتسعة وعشرين سنة ١١٢٩ هـ.
هذا بالإضافة إلى العديد من النسخ الناقصة وقد اخترنا النسخة (أ) أصلًا، أي نسخة المكتبة الظاهرية وذلك لقربها من وفاة المؤلف ولتمامها ولوجود بعض الحواشي والتعيقات عليها واستعنا بعد عون الله تعالى وتوفيقه بالنسخة (ب) التي جعلناها في المرتبة الثانية وذلك لوضوحها وتمامها وسبب اقتصارنا على النسختين (أ، ب) وصرف النظر عن غيرهما هو التحرز من ضغط الهوامش بالاختلافات التي قد تؤدي إلى النفور والملل، لعدم فائدتها للقارئ والله الهادي إلى سواء السبيل.
[ ١ / ٢٤ ]
الصحيفة الأولى لمخطوطة الظاهرية والتي رمزنا لها بالحرف (أ)
[ ١ / ٢٥ ]
الصفحة الأخيرة من المجلد الأول - الظاهرية (أ)
[ ١ / ٢٦ ]
الصفحة الأولى من المجلد الثاني - ظاهرية
[ ١ / ٢٧ ]
الصفحة الأخيرة من المجلد الثاني - ظاهرية
[ ١ / ٢٨ ]
الصحيفة الأولى لمخطوطة الحرم المكي والتي رمزنا إليها بالحرف (ب)
[ ١ / ٢٩ ]
الصفحة الأخيرة من المجلد الثاني - نسخة الحرم
[ ١ / ٣٠ ]
الصفحة الأولى من نسخة الحرم الثانية
[ ١ / ٣١ ]
الصفحة الأخيرة من نسخة الحرم الثانية
[ ١ / ٣٢ ]