اهتم الشيخ السقا بذكر المناسبات بين الآيات، فكان غالب ما يبدأ ذكره في الآية هو المناسبة بينها وبين ما سبقها من الآيات، ثم يذكر سبب نزولها، ثم يشرع بعد ذلك في بيان المسائل الواردة فيها، كما اهتم ببيان الناسخ والمنسوخ في الآية وآراء العلماء فيه، واهتم بتوجيه القراءات ونسبتها إلى أصحابها.