تبدأ قصة الموسوعة عام ١٤٢٦ هـ حين عُرض على مركز الدراسات فكرة جمع الآثار التفسيرية الزائدة على ما ورد في كتاب "الدر المنثور في التفسير بالمأثور" للسيوطي باعتبار أنه أكبر جامع للتفسير المأثور، وكان المقصود جمع الزوائد مسندة كما هي في أصل كتاب "الدر المنثور" الذي لخصه السيوطي منه، وهو تفسيره المسند الذي أطلق عليه "ترجمان القرآن"، وهو في عداد المفقود.
وقد قام مركز الدراسات والمعلومات القرآنية بمعهد الإمام الشاطبي بدراسة جدوى هذا المشروع العلمي، وأعد تجربة لذلك، بالموازنة بين تفسيري ابن جرير الطبري والدر المنثور لـ "جزء عم"، فوجدنا في تفسير ابن جرير آثارًا وألفاظًا كثيرة لم يوردها السيوطي في الدر المنثور.
كما وقفنا على مصادر مهمة لتفسير السلف لم تكن ضمن مصادر السيوطي -على كثرتها وتنوعها-، من أهمها -بصرف النظر عن أسباب عدم اعتماد السيوطي لها-: تفسير مقاتل بن سليمان، وتفسير يحيى بن سلّام، وتفسير إسحاق البستي. هذا فضلًا عن غير كتب التفسير التي وجدنا في بعضها آثارًا تفسيرية مهمة؛ لم ترد في الدر المنثور.
كل ذلك شجعنا على المضي في هذا المشروع الذي مر بستة مراحل حتى استوى على سوقه: