للموسوعة حاشيتان؛ ضُمِّنت الحاشية الأولى تعليقات أئمة التفسير الخمسة، وضُمِّنت الحاشية الثانية توثيق نصوص الموسوعة وخدمتها بالإيضاحات اللازمة، وفيما يلي بيان نهج كل منهما:
للموسوعة حاشيتان؛ ضُمِّنت الحاشية الأولى تعليقات أئمة التفسير الخمسة، وضُمِّنت الحاشية الثانية توثيق نصوص الموسوعة وخدمتها بالإيضاحات اللازمة، وفيما يلي بيان نهج كل منهما: