١ - المخالفات العقدية التي بثَّها ابن عجيبة في كتبه لا سيَّما تفسيره (البحر المديد في تفسير القرآن المجيد)، وكثرة كتبه وتنوعها، وفيها حكى وتكلَّم عن قضايا عقدية كثيرة.
٢ - أنه مؤسِّسٌ لإحدى الطرق الصوفية، وهي الطريقة الدرقاوية.
٣ - عناية المتصوفة بكتبه ونشرها والدفاع عنه ومدحه.