قصة الطوفان كباقي القصص القرآني تندرج عند العلمانيين في القصص الأسطوري الخرافي.
قال عصام الدين حفني ناصف في اليهودية بين الأسطورة والحقيقة (١١١) عن قصة الطوفان: لا يسلم بصحتها في الوقت الحاضر إلا رجل يفكر في القرن العشرين بعد الميلاد تفكير الذين كانوا يعيشون في القرن العشرين قبل الميلاد، رجل يتمتع بعقل كعقول الأطفال وتصديق ساذج كتصديق العجائز (١).
وسخر (١٠٤ - ١٠٥) من قصة الطوفان، وتساءل كيف استطاع نوح أن يميز بين الذكر والأنثى عند الحشرات مع أنه لم يكن مزودا بمجهر، وكيف قفزت تلك الحيوانات التي لا تحسن السباحة من قارة إلى أخرى وجاءت إلى السفينة؟ وكم سنة أمضاها الحيوان الكسلان من أمريكا الجنوبية إلى العراق، وهو لا يستطيع أن يقطع أكثر من خمسة عشر مترا في اليوم (٢).
وهذا تكذيب للقرآن.