عاد محمد علي إلى الحياة العسكرية عندما أغار نابليون على مصر وشرع الباب العالي في الأستانة في تعبئة جيوشه لمحاربة الفرنسيين، فوصل إلى مصر في عام ١٨٠١ ميلادية كمعاون لرئيس كتيبة قولة، وأظهر كفاءة حربية ومهارة عالية وحسن تصرف، فتدرج في الترقية إلى أن أخرج الفرنسيين، فأصبح من الرجال المقربين للوالي الجديد خسرو باشا.
وفي مايو ١٨٠٥ ميلادية وصل إلى كرسي والي مصر، وفي العام نفسه وصل قرار تنصيبه من الباب العالي في الأستانة حاكمًا على مصر.