خلَف الإمام قاضي خان ثروة علمية كبيرة للمكتبة الإسلامية، تدل على مكانته العلمية العالية في الفقه، واطّلاعه الواسع على دقائق المذهب الحنفي، وقد نسبت كتب التراجم إليه طائفة من الكتب، كانت موضع اهتمام الفقهاء المتأخرين الذين أكثروا النقل عنه والإحالة إليها، ولكنها مغمورة مع جلالة قدرها، سِوى فتاواه الشهرة، بعضها ما تزال مخطوطة يمكن الوقوف عليها، وبعضها لا نعلم له مكانا، وفيما يلي أذكر نبذة يسيرة عن مؤلفاته القيّمة: