نسبة الكتاب إلى المصنف صحيحة بلا أدنى شك أو رَيْب، ومما يدلل على ذلك عدة أمور:
- النسخ الخطية المعتمدة في التحقيق جاء اسم الكتاب عليها هكذا: كتاب الخلافيات، لأبي بكر البيهقي.
- الكثير مما أسنده البيهقي في هذا الكتاب، فجل مشايخه الذين روى عنهم هنا ممن عُرف بتتلمذه عليهم.
- نَسَبَ هذا الكتاب إليه غير واحد من أهل العلم.
- اقتبس منه غير واحد من أهل العلم، وبعضهم صرح باسم الكتاب، منهم:
ابن الملقن في التوضيح لشرح الجامع الصحيح، وابن دقيق العيد في الإمام، وابن التركماني في الجوهر النقي.