هو محمد زكريا بن محمد يحيى بن محمد إسماعيل بن الطبيب غلام حسين بن كريم بخش بن الطبيب غلام محيي الدين بن محمد ساجد بن فيض محمد بن شاه محمد شريف بن محمد أشرف بن جمال محمد بن نور محمد المعروف بابن شاه بن بهاء الدين بن شيخ محمد (^١)، ينتهي نسبه إلى سيدنا أبي بكر الصديق - ﵁ - (^٢)