لم يكن ابن الملقن قَدْ نال مناصب كبيرة مع شهرته العلمية؛ لأن جل وقته كان مصروفًا إما للتعليم أو التأليف والنسخ، وقد ولي مناصب في فترات بسيطة نذكر منها:
ا- تولى قضاء الشرقية ثم تركها بعد لابنه علي.
٢ - تولى الميعاد بجامع الحاكم في سنة ستين وسبعمائة.
٣ - رئاسة أمر دار الحديث الكاملية خلفًا للزين العراقي.
٤ - ترشيحه لقضاء القضاة الشافعية فحصل له محنة بسببها.