توفي ابن الملقن -عليه رحمة الله- ليلة الجمعة سادس عشر ربيع الأول سنة أربع وثمانمائة، فيكون عمره واحدًا وثمانين سنة، فرحمة الله عليه حيث قضى هذا العمر في التعلم والتعليم والتصنيف والتحقيق، فجزاه الله عن أمة محمد خير الجزاء حيث أدى ما تحمل من الأمانة نصحًا لأمة محمد - ﷺ -.