ذكر المؤرخون في رحلات وتنقلات ابن قرقول أنه انتقل من مالقة إلى سبتة في سنة أربع وستين وخمسمائة، ثم إلى سلا، ثم إلى فاس وتصدر للإفادة إلى مات بها أول وقت العصر من يوم الجمعة، السادس لشعبان - وفي "وفيات الأعيان" لابن خلكان وعنه ابن كثير في "البداية والنهاية": شوال - سنة تسع وستين وخمسمائة، وكان قد صلى الجمعة في الجامع، فلما حضرته الوفاة تلا سورة الإخلاص، وجعل يكررها بسرعة، ثم تشهد ثلاث مرات، وسقط على وجهه ساجدًا فوقع ميتًا، رحمه الله تعالى، وذلك بعد خروجه من الحمام وحلق رأسه واستحداده واستعداده للقاء ربه جلت قدرته، ودفن قريبًا من برج الكوكب، خارجها، وكان قد عاش أربعًا وستين سنة.