رتّب الإمام أبو يعلى المرويات على مسانيد الصحابة، ورتب مرويات المكثرين منهم على التراجم في الغالب، حيث:
١ - بدأ الرجال بمرويات العشرة - إلا عثمان ﵁.
ثم بمرويات مجموعة من الصحابة المقلِّين.
ثم المكثرين من الصحابة، وهم: جابر بن عبد الله، ثم عبد الله بن عباس، ثم أنس بن مالك، ثم عائشة، ثم عبد الله بن مسعود، ثم ابن عمر، ثم أبو هريرة، ﵃.
ثم بمجموعة من قرابة النبي - ﷺ - وآل بيته وهم:
الفضل بن عباس، وفاطمة، والحسن، والحسين، وعبد الله بن جعفر، وعبد الله بن الزبير، ﵃، ثم بمجموعة من الصحابة المقلين أيضًا والذى يظهر أنه اعتبر أهل القبائل منهم، وذكر معهم بعض المبهمين.
ثم عاد إلى النساء وبدأهن بأمهات المؤمنين - في الغالب - إلا عائشة ﵂، حيث تقدَّمت مع المكثرين.
ثم ببقية النساء، والمبهمات ثم عاد إلى الرجال.
٢ - رتَّب مرويات المُكثرين بحسب الرواة عنهم، وهذا يظهر في مسند جابر بن عبد الله، وأنس بن مالك - مثلًا -، وقد ترجم بالرواة عن أنس في مسنده بعنوان ظاهر.
٣ - بدأ بمسانيد العشرة المبشرين بالجنة، بتقديم الخلفاء الأربعة، إلا أنه لم تُذْكر مرويات: عثمان ﵁.
وقد جاء في حاشية مخطوط المسند بعد نهاية "مسند عمر بن الخطاب": "مسند عثمان - ﵁ - لم يكن من سماع أبي سعد الجَنْزَروذي - محمد بن عبد الرحمن بن محمد - عن أبي عمرو بن حَمْدان".
ثم أورد المؤلف مرويات بقية الرجال من الصحابة، والذى يظهر أنه اعتبر فيهم بعض الأوصاف في الغالب، مثل: كثرة المرويات، والقبائل، وأهل القرابة، وآل البيت.
[ ١ / ١٥ ]
٤ - وضع "مسند عائشة" ﵂ في مسانيد المكثرين، وأما بقية النساء، فذكرهنّ مجتمعات في أواخر الكتاب تقريبًا، وبدأهنّ بأمهات المؤمنين في الغالب.
٥ - ترجم لمسانيد المبهمين والمبهمات، ومن ذلك قوله: "رجل غير مُسمَّى عن النبي".
ثم ختم الكتاب بمرويات مجموعة من رجال الصحابة رضوان الله عليهم، بعد نهاية مرويات النساء.
٦ - أتت الأحاديث تحت كل ترجمة، لا يربطها ترتيب معين، بل كل حديث وحدة قائمة بذاتها، بيْد أنه يراعى إذا تكرر النص، أو وُجِدَ أكثر من نص من مرويات هذا المترجم تتناول موضوعًا واحدًا أن يجمع كلَّ ذلك في مكانٍ واحد.